R语言与ggplot2 生物数据可视化绘图培训课程-曙海培训中心

R语言与ggplot2 生物数据可视化绘图培训课程

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• 培训对象：生物医学研究人员、生物信息分析人员、需要掌握专业科研绘图技能，制作符合发表要求的图表的科研人员。

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• 培训目标：

  1. 掌握R语言数据处理基础与tidyverse生态，能够对生物信息数据进行清洗和整理。

  2. 熟练运用ggplot2的图形语法，创建散点图、箱线图、热图、火山图等科研常用图表。

  3. 掌握图表的精细化调整与主题定制，能够生成符合期刊发表要求的出版级图表。

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• 培训内容介绍：

  1. R语言基础与RStudio：安装R和RStudio，熟悉R的基本数据结构（向量、数据框、列表）和操作。

  2. tidyverse数据清洗：使用dplyr进行数据筛选、汇总、变形，使用tidyr进行数据长宽转换。

  3. ggplot2图形语法：理解ggplot2的图层语法结构（data、aes、geom、facet、theme）。

  4. 基础图表绘制：使用geom_point、geom_boxplot、geom_bar、geom_histogram绘制基础图表。

  5. 火山图绘制：从DESeq2结果中提取数据，绘制火山图标识显著差异基因。

  6. 热图绘制：使用pheatmap或ggplot2绘制基因表达热图，展示聚类结果。

  7. 箱线图与小提琴图：绘制多组比较的箱线图或小提琴图，展示表达分布。

  8. PCA与降维可视化：绘制PCA图、t-SNE图展示样本聚类关系。

  9. 染色体分布图：绘制曼哈顿图展示GWAS结果或基因在染色体上的分布。

  10. 颜色主题与标度：掌握scale_color_manual、scale_fill_gradient等颜色设置，选择合适的配色方案。

  11. 主题定制与图例调整：使用theme函数调整坐标轴、图例、标题等元素，去除背景网格，符合出版要求。

  12. 综合实战演练：以真实的转录组或基因组数据为例，完成从数据处理到多图组合发表的全流程。