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ASPEN培训课程
培训对象：结构生物学家、计算化学家、药物化学研究人员、需要运用PyMOL进行分子结构可视化、出版级图像制作及分子模拟结果展示的科研人员。
培训目标：
掌握PyMOL的图形界面操作与基本命令，能够独立加载分子结构并进行基础显示设置。
熟练运用PyMOL的高级显示功能（表面、静电势、透明度、卡通样式），制作专业分子图像。
掌握PyMOL的脚本编程与动画制作，实现批量处理与分子动力学轨迹的可视化。
培训内容介绍：
PyMOL界面导航：熟悉PyMOL的窗口布局（3D视图、外部GUI、内部GUI），掌握鼠标操作与视图控制。
分子加载与保存：加载PDB文件、多帧轨迹文件，保存会话、图像与分子坐标。
选择与操作：学习选择语法（sele），通过残基编号、链标识、原子名称等选择特定区域，进行隐藏、显示、着色。
显示样式：设置不同的显示样式（卡通、棍状、球棍、表面、点），组合使用突出结构特征。
颜色与透明度：应用预设颜色或自定义RGB值，设置表面透明度，创建多层次视觉效果。
测量与标注：测量原子距离、角度与二面角，添加文本标注与标尺。
静电势表面：加载APBS计算结果或使用内置泊松-玻尔兹曼求解器，生成并显示静电势表面。
配体相互作用图：显示配体与周围残基的相互作用（氢键、疏水接触、π-π堆积）。
多状态与比对：加载多个构象或同源结构，进行结构比对，显示RMSD与差异区域。
轨迹加载与动画：加载分子动力学轨迹（DCD、XTC），制作构象变化动画，导出为视频文件。
脚本编写：学习PyMOL的Python接口，编写脚本实现批量渲染、自动截图与重复性任务。
出版级图像输出：调整光线、阴影与抗锯齿，设置分辨率与输出格式（PNG、TIFF、POV），生成论文封面级图像。
